Im Jahre 1689 wurde das Kloster in den Erbfolgekriegen Ludwigs XIV. zusammen mit der Stadt und dem Dom ein Raub der Flammen. Die Schwestern mussten fliehen.

Der Brand von Speyer 1689

1699 kehrten die Schwestern nach Speyer zurück und bauten ihr Kloster wieder auf.

Das folgende Jahrhundert war ein Jahrhundert voller Bedrängnisse.
Die Schwestern mussten viermal das Kloster verlassen und kamen erst 1797 endgültig wieder nach Speyer zurück.

1802 wurde das Kloster säkularisiert. Die Schwestern wurden gezwungen, das Ordenskleid abzulegen und wiederum
das Kloster zu verlassen.  Dieses wurde  versteigert. Die Schwestern konnten es jedoch 1807 mit finanzieller Hilfe
von Verwandten wieder zurückkaufen, durften aber nur insgeheim -  im weltlichen Kleid - als geistliche Gemeinschaft
dort leben.

1828 wurde das Kloster offiziell durch König Ludwig I von Bayern wieder errichtet. Er verband mit der Erlaubnis der Wiedererrichtung die Verpflichtung, die katholische Mädchenbildung in Speyer zu übernehmen.
Die Schwestern eröffneten nach und nach verschiedene Schulen. (Schulgeschichte)

Von 1923 bis 1931 unterrichtete die 1998 heiliggesprochene Frau Dr. Edith Stein als  Lehrerin an den Schulen von St. Magdalena in Speyer.

Durch die Machthaber des Dritten Reiches wurden 1937/38 alle Schulen des Klosters geschlossen. Die Schwestern suchten nach einem neuen Arbeitsfeld.

In dieser Notsituation erbaten Bischöfe aus Brasilien und Peru deutsche Ordensfrauen. Viele unserer Schwestern waren bereit, der Bitte der Bischöfe Folge zu leisten. 1937 reisten drei Schwestern nach Brasilien und 1938 folgten 22 Schwestern nach Peru. Sie eröffneten dort Schulen.
(Unsere Missionsstationen in Lateinamerika)

Anfänge in Brasilien im Urwaldgebiet im Norden von Brasilien

Die ersten Missionarinnen in Peru

Auf dem Weg zu den Armen in Peru

Nach dem Ende des Nationalsozialismus konnten die Schwestern 1945 ihre Erziehungsarbeit in Deutschland wieder aufnehmen und verschiedene allgemeinbildende und berufsbildende Schulformen eröffnen.

Wegen Mangel an Nachwuchs mussten allerdings im Laufe der Jahre alle Schulen wieder aufgegeben bzw. in eine andere Trägerschaft übergeben werden. (Schulgeschichte)